النظرية البيولوجية أو العضوية organic theory تنص هذه النظرية أن النفط قد تكون من بقايا بعض الكائنات الحية الحيوانية والنباتية، وبخاصة العوالق النباتية والحيوانية (plankton أو الهائمات) وهي كائنات حية دقيقة هائمة أو عالقة في الطبقات العليا من البحار والمحيطات التي تجمعت مع بقايا كائنات أخرى بعد موتها في قيعان البحار والمحيطات واختلطت بالرواسب الطينية والرواسب الأخرى، وبترسيب طبقات سميكة فوقها وبتعرضها لضغوط هائلة وارتفاع حرارتها إلى درجات عالية جدا بفعل تحركات القشرة الأرضية وتأثير حرارة باطن الأرض، وبسبب النشاط الحيوي البكتيري والتفاعلات الكيميائية والتغيرات الفيزيائية، تحصل عمليات تفاعل للمواد العضوية ينتج عنها اتحاد الكربون بالهيدروجين وبعض العناصر الأخرى مكونة مواد هيدروكربونية هي النفط والغاز، و تسمى تلك الصخور عندئذ بصخور المصدر.